富士北麓地域の中心都市である富士吉田市の代表駅です。戸籍上は当駅から大月方面が大月線、河口湖方面が河口湖線になりますが当駅で折り返す列車はありません。２０１１年に富士山に一番近いということで富士吉田駅から富士山駅という駅名に改称されまし た。
駅舎は「Q-Sta」を併設する駅ビルです 。富士山駅改称の際リニューアルが行われており入り口に鳥居が建っています。
駅前はバスターミナルになっています。
改札口。液晶の列車案内板や箱があり線内の中間駅では最多の利用客を誇るだけあり立派な設備です。
ホームは頭端式の2面3線です。リニューアルによって木製の上屋が設置されました。
6両編成の車両にも対応できるようにホームの長さが延伸されました。
ホームは櫛形ホームの２面３線。富士急の前身都留馬車鉄道が御殿場まで繋がっていた時の名残りで元々富士急も御殿場まで結ぶ予定でしたがその計画は頓挫し方向転換して河口湖を終点としました。その為当駅は日本でも珍しい平地のスイッチバック駅となっています。