初鹿野（はじかの）として開業した当駅は一時期終着駅でしたがすぐに甲府駅まで延伸したためその役目はほんのわずかで終えました。郡内と国中の境ともいえる山間部にあり東を笹子トンネル、西を新鶴瀬トンネル、新深沢トンネル、新大日影トンネルといった長大トンネルに挟まれています。「甲斐大和」という駅名は合併で誕生した大和村に合わせた駅名ですがその大和村も平成の大合併で甲州市となり消滅しました。
鉄骨造りの平屋建て駅舎です。
陸橋側にも入り口があります。
駅舎内。券売機とSuicaの簡易自動改札機が設置されています。2015年をもって完全無人化されました。
ホームは2面3線。掘割の中にあります。特急列車との退避がよく行われています。
下り本線と中線を覆う不自然なシェルター。本来は豪雪地帯で雪を防ぐために設置されますがここの場合は違う理由があります。かつて左側にある諏訪神社内には初鹿野大杉という巨木がありましたが鉄道の開業により汽車の煙と振動が原因で枯れてしまいました。それ以降複線化工事や駅の改良工事の際大きな事故が続いた為大杉の祟りではないかと恐れられ振動を抑える目的で設置されたようです。