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小さな集落の中にある駅です。駅の近くでは中部横断自動車道の建設工事が進んでいます。
「波高島」という駅名の由来は富士川の流れが急で波が高かったためと言われています。「島」とは川沿いの集落の事を指すようです。
片流れの屋根を持つ簡易コンクリート駅舎です。ＪＲ東海の簡易駅舎では珍しく出入り口に引戸が付いています。右の建物は旧駅舎です。
駅舎内はベンチ一脚のみという必要最小限の設備です。
ホームは1面2線。構内踏切で結ばれています。
旧駅舎
ホーム
身延線
